1961年11月，《福州大学学报》创刊。不定期出版。张孤梅书记题写创刊词。组成第1届编委会（组成人员不详）。
1966-1977年，停刊。
1978年，《福州大学学报》复刊，刊发了复刊词。不定期出版。组成第2届编委会，卢嘉锡院士任总编辑。
1982年，《福州大学学报》成为福州大学第一种正式公开出版、发行的学术刊物，季刊。组成第3届编委会，卢嘉锡院士任主编。
1985年，《福州大学学报》更名为《福州大学学报（自然科学版）》。组成第4届编委会，卢嘉锡院士任顾问，黄金陵教授任主编。
1989年，在全国高校学报首次开展的评优活动中获全国高校自然科学学报优秀编辑质量三等奖。成为首批《中国科技论文统计与分析（年度研究报告）》统计源期刊。组成第5届编委会，黄金陵教授任主编。
1990年，使用计算机进行学报编排。
1991年，《福州大学学报（自然科学版）》创刊30周年，卢嘉锡副委员长题词：“‘三十而立’，要继续坚持面向四化，面向世界，面向未来!”。