《厦门大学学报由厦门大学学报（哲社版）》和《厦门大学学报（自然版）》组成。

《厦门大学学报（自然科学版）》于1931年创刊，是由教育部主管，厦门大学主办，国内外公开发行的综合性学术期刊（双月刊），是我国自然科学核心期刊。本刊以印刷版、网络版的方式同时出版。 主要刊载自然科学各学科的最新研究成果，包括自然科学基础理论研究、应用基础研究、高新技术方面的学术论文。

《厦门大学学报（哲学社会科学版）》是厦门大学主办、国家教育部主管的高层次的哲学社会科学综合性学术刊物，2003年底首批入选教育部“哲学社会科学名刊工程”。

《厦门大学学报》创办于1926年4月，办刊历史悠久。新中国成立后，《厦门大学学报》在停刊七年后，于1952年7月复刊，成为解放后全国最早复办的大学学报。

长期以来，《厦门大学学报（哲社版）》坚持以学术为重、社会效益为重的办刊宗旨，以本校优势学科和文科科研力量为依托，逐步形成了自己的特色和优势。尤其是近十年来，坚持走“内涵式发展”之路，通过特色栏目的设置来塑造学术个性，打造了“现代性研究”、“前沿课题研究与述评”等立足理论前沿的系列专栏和“台湾研究”、“南洋研究”等体现本校学术专长的栏目，形成了“立足本地优势，关注学术前沿”的办刊特色。目前，这些特色栏目已经成为反映国内相关研究成果的主要窗口，在学术界产生重要影响。

与此同时，该刊确立现代办刊理念，实行开门办刊，实行同行专家双向匿名评审制度，建立公正的审稿、用稿程序，为学术质量的提高提供了制度上的保证。