南京医科大学学报由南京医科大学学报（自然科学版）和南京医科大学学报（社会科学版）组成。

南京医科大学学报（自然科学版）是中国综合医药卫生类核心期刊，2001年进入国家期刊方阵，为国家科技部确定的中国科技论文统计源期刊，是经国家药监局批准的可发布综合类处方药广告的期刊之一。该刊创办于1956年，前身是《苏医学报》、《南京医学院学报》，1996年随校名更改为《南京医科大学学报》。

该刊接受全国各医药高等院校及医院教学、医疗、科研人员在基础医学、临床医学、预防医学方面的论著、科研简报、技术方法、经验交流、短篇报道、病例报告等。

南京医科大学学报（社会科学版）自2000年创刊以来，坚持党的基本路线，严格把好政治关和质量关，主要反映医学人文与社会科学研究、卫生事业管理、医学法学和生命伦理学等方向的学术研究和进展。

主要栏目:哲学与邓小平理论研究、公民道德建设、医学法学、生命伦理学、卫生经济学研究和史学研究等。