扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报(人文社会科学版)》（双月刊）、《扬州大学学报(高教研究版)》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报(自然科学版)》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报(农业与生命科学版)》（季刊）。
　　扬州大学学报编辑部现有专职编辑14人。专职编辑中具有正高专业技术职务的3人、副高5人，博士6人。编辑部设主任、副主任各1名，各版分设编辑室。
扬州大学高度重视学报编辑部建设, 学报编辑部实现了编辑和工作流程的现代化。目前学报编辑部正进一步关注学术前沿，坚持品牌特色，倡导学术创新，打造名刊名栏，不断向更高目标迈进。