《孔子研究》于1986年创刊，编辑部分设于北京、济南，编辑部办公室设于曲阜师范大学内。1996年编辑部合二为一，设于济南，2001年编辑部办公室迁至济南，与编辑部合署办公。
1986—1999年为季刊。2000年改为双月刊。
《孔子研究》是中国孔子基金会主办，专门反映孔子、儒学和中国传统思想文化诸方面最新最重要研究成果及学术动态的国际性中文学术期刊。坚持致力于推动孔子、儒学及中国传统思想文化的研究工作，总结继承古代丰富、珍贵的文化遗产，繁荣学术，“古为今用”，为建设有中国特色的社会主义文化服务。
《孔子研究》注重遵守学术规则，提倡严谨、扎实的学风，赞成不同学派、不同学术观点之间自由平等、相互尊重的交流、讨论和争鸣，支持有新突破、新贡献的创造性研究，并以学术价值和学术水平作为取舍稿件的基本标准。多年来，《孔子研究》以其高质量、高水准、高品位赢得了社会各界的好评，在海内外享有较高的声誉。
主要栏目：儒家思想研究、孔孟荀思想研究、宋明理学研究、儒学史研究、中西比较研究、书评等。